Οι Επιτροπές συνεργασίας αποτελούν ένα κρίσιμο εργαλείο για τη στήριξη του Διαχειριστή του Προγράμματος, καθώς παρέχουν στρατηγική καθοδήγηση και συμβουλές σε τακτά διαστήματα ή όποτε προκύψει ανάγκη. Σκοπός τους είναι η βέλτιστη διαχείριση του προγράμματος «Χρηστή Διακυβέρνηση, Θεσμοί και Διαφάνεια» μέσω οδηγιών που συμβάλλουν στην αντιμετώπιση στρατηγικών ζητημάτων και στη διασφάλιση της αποτελεσματικής υλοποίησης των στόχων.
Κατά τη διάρκεια των Επιτροπών, οι συμμετέχοντες ενημερώνονται για την πρόοδο του προγράμματος και των έργων, καθώς και για τυχόν προκλήσεις που ανακύπτουν. Συζητούνται, επίσης, οι ενδεδειγμένες πρωτοβουλίες για την καλύτερη επίτευξη των στόχων, προσφέροντας λύσεις και στρατηγικές προσαρμογές όπου απαιτείται.
Από την αρχή του 2020 έως το 2023, έχουν πραγματοποιηθεί πέντε (5) Επιτροπές συνεργασίας, οι οποίες έχουν διαδραματίσει σημαντικό ρόλο στη διακυβέρνηση του προγράμματος. Οι Επιτροπές αυτές ενισχύουν τη διαφάνεια και τη συνεργασία, συμβάλλοντας στη συνεχή βελτίωση και προσαρμογή του προγράμματος στις ανάγκες της ελληνικής κοινωνίας και διοίκησης.